Au total, ce sont environ 700 000 planches (ou exicata) sous forme de 3 242 liasses qui sont conservées : elles sont rangées dans des boîtes adaptées et à plat, dans un herbarium à atmosphère contrôlée.On y dénombre 3 % d’herbiers généraux, 45% d’auteurs et 52% de thématiques.La période étant représenté par le plus d'herbiers est le XIXe siècle (63%, essor de la discipline), mais 3 % date du XVIIIe siècle !
Parmi les herbiers, celui de Cardoze est l'un des plus anciens de France. Confectionné en 1702, il est suivi par celui de Campaigne, en 1735.Ceux de Lespinasse, Desmoulins et de Motelay constituent une très riche collection de plantes françaises et européennes.En 1945, la donation de l'herbier de Jeanjean constitue un enrichissement important : il regroupe surtout des espèces de la flore du sud-ouest (phanérogames et lichens).En 1993, l'herbier Ninin - comportant environ 1000 planches - ainsi que des éléments de l'herbier des laboratoires de Botanique et de Biologie Végétale (environ 10 000 planches) ont été offerts au Jardin Botanique.En 2015, l’herbier Sougnez, riche de 70 liasses a été légué par la famille.