Depuis 2007, le Jardin Botanique est responsable du volet pédagogique des « classes vertes », situées dans la réserve écologique des Barails, dans le quartier du Lac.
L' animateur présent a pour mission d’accompagner le projet que l’enseignant a choisi : les activités éducatives viennent renforcer les notions abordées en classe.
Durant toute une semaine, les enfants font du jardinage, découvrent le parc floral, sont sensibilisés au développement durable et à la nature, effectuent des expériences...