Tout comme les autres jardins inscrits à l'association Jardins Botaniques de France et des Pays francophones (JBF) et ceux recensés dans le monde par le Botanic Gardens Conservation International (BGCI), le Jardin Botanique de Bordeaux s'est donné pour mission de préserver la diversité génétique du monde végétal sous toutes ses formes. Pour la mener à bien, deux types d'actions sont possibles :
- Action In situ : signifiant "sur place", il s'agit d'une action de conservation des espèces menée au sein même du milieu naturel.
- Action Ex situ : signifiant "hors site", complémentaire de l'action menée in situ, il s'agit d'une action de conservation des espèces végétales en dehors de leur habitat naturel sous diverses formes (graines, plantes...). Ce type d'actions permet d'observer les meilleures conditions nécessaires pour multiplier une espèce en vue de sa réintroduction en milieu naturel.
Pour réaliser ces différentes actions, le Jardin Botanique peut être amené à mettre en place un partenariat avec les autorités territoriales suivantes :
- L'Office National des Forêts (ONF)
- Le Conservatoire Botanique National Sud-Atlantique (CBNSA),
- La Direction Régionale de l'Environnement, de l'Aménagement et du Logement (DREAL),
- Le Conservatoire du Littoral,
- Le Conseil Général de Gironde,
- Bordeaux Métropole.