Depuis 1995, l'aménagement de la rive droite figure parmi les priorités de la municipalité. C'est ainsi que vit le jour la Zone d'Aménagement Concerté (ZAC) « Cœur de Bastide » : ce quartier de 30 hectares, bien que situé de l'autre côté de la Garonne, devait faire partie intégrante de la ville. Bordeaux Métropole Aménagement (B.M.A), qui s'est vu confier son développement à partir de mai 1999, devait concilier à la fois des espaces verts et de grands équipements (logements, bureaux, commerces, écoles).
Le projet d'un nouveau Jardin Botanique se concrétisa en 1996 : situé à l'emplacement de l'ancienne « coulée verte », il portait ainsi à 10 hectares la surface végétale du quartier. En janvier 1999, un cahier des charges est proposé : le Jardin se devait d'affirmer une orientation pédagogique et de répondre à certains objectifs (assurer la reconversion économique et sociale de la rive droite, faciliter la restructuration urbaine et paysagère d’un ancien site industriel).
En novembre 1999, la paysagiste Catherine Mosbach et l'architecte Françoise-Hélène Jourda (1955-2015) furent sélectionnées pour mener à bien le projet. Ce Jardin Botanique, résultat de la réflexion conjuguée de la botanique et de la muséographie, devait être le premier créé en France depuis 25 ans. Deux phases de construction se succédèrent : la première tranche concerna uniquement la partie jardin (2001-2003), la seconde (2005-2007) les bâtiments et les serres.
Le Jardin fut inauguré le 23 mai 2003 et dès lors ouvert au public. En décembre de cette même année, ce projet, sélectionné parmi 350 autres, reçut le prix européen du paysage Rosa Barba. De plus, pour la réouverture du MOMA (Museum Of Modern Art) en 2005, ce projet fut exposé ainsi que 26 autres choisis de par le monde afin de figurer dans l'exposition.
Chaque année, c’est environ 40 000 visiteurs qui découvrent la cité botanique et plus de 400 000 qui traversent le jardin !
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Les nouveaux bâtiments du Jardin Botanique de la Bastide
