Tout comme les autres jardins inscrits à l'association Jardins Botaniques de France et des Pays francophones (JBF) et ceux recensés dans le monde par le Botanic Gardens Conservation International (BGCI), le Jardin Botanique de Bordeaux s'est donné pour mission de préserver la diversité génétique du monde végétal sous toutes ses formes. Pour la mener à bien, deux types d'actions sont possibles :
- Action In situ : signifiant "sur place", il s'agit d'une action de conservation des espèces menée au sein même du milieu naturel.
- Action Ex situ : signifiant "hors site", complémentaire de l'action menée in situ, il s'agit d'une action de conservation des espèces végétales en dehors de leur habitat naturel sous diverses formes (graines, plantes...). Ce type d'actions permet d'observer les meilleures conditions nécessaires pour multiplier une espèce en vue de sa réintroduction en milieu naturel.
Exemples d'actions In situ :
- Les relevés floristiques effectués par exemple, lors de l'inventaire des Espaces Naturels Urbains (ENU),
- Les herborisations,
- L'adoption de mesures de collaboration pour la conservation des espèces endémiques. Exemple : partenariat entre le Jardin Botanique et le Conservatoire Botanique National Sud-Atlantique (CBNSA) pour la conservation de l' Angelica heterocarpa et la Tulipa clusiana.
Pour réaliser ces différentes actions, le Jardin Botanique peut être amené à mettre en place un partenariat avec les autorités territoriales suivantes :
- L'Office National des Forêts (ONF)
- Le Conservatoire Botanique National Sud-Atlantique (CBNSA),
- La Direction Régionale de l'Environnement, de l'Aménagement et du Logement (DREAL),
- Le Conservatoire du Littoral,
- Le Conseil Général de Gironde,
- Bordeaux Métropole.
Exemples d'actions Ex situ :
- Les collections d'espèces,
- Les test de germination. Exemple : différents modes de conservation ont été effectués sur des bulbes de Tulipa Clusiana.
Exemples concrets d'actions menées In et Ex situ :
Angelica heterocarpa (Angélique des estuaires) :
Le Jardin Botanique a été sollicité pour son expertise scientifique lors de travaux de réhabilitation des berges de la Garonne suite à la présence de l'Angelica heterocarpa. Il s'agit d'une espèce végétale endémique qui bénéficie du statut d'espèce protégée. Des pieds furent prélevés et conservés en pot sous châssis au sein du Jardin Botanique. Celui-ci a également effectué des suivis sur des semis réalisés à partir de graines issues des pieds prélevés, par la suite réimplantés en milieu naturel. Les phases de prélèvement et de réintroduction constituent des actions in situ tandis que la conservation et le suivi au sein du Jardin Botanique est une action ex situ.






